Ploblématique de la conservation des documents
La crise politico-militaire déclenchée le 19 septembre 2002 a entraîné un exode massif de près de 1,7 million de personnes, l'abandon des zones de conflit par l'administration publique ainsi que des entreprises privées et la destruction de nombreuses infrastructures économiques. Le conflit consacre une division du pays entre un sud contrôlé par l'État et un nord contrôlé par la rébellion ; l'essentiel des ressources étant contrôlé par l'État (café, cacao, pétrole, gaz, bois...), la rébellion disposant pour sa part du contrôle sur le coton et le diamant.
Pendant les six premières années du conflit, la croissance économique devient négative (-0,4 %) largement inférieure à celle des autres pays de l'UEMOA (4,1 %) et de l'Afrique subsaharienne (4,9 %). De nombreuses entreprises tenues par des non nationaux quittent le pays ou réduisent très fortement leurs activités en attendant la fin de la crise. De même, les investissements étrangers directs baissent. Ce repli de l'activité économique aggrave le chômage dont le niveau était déjà très élevé avant cette crise, notamment parmi les jeunes. Le secteur financier est durement touché avec la fermeture de toutes les agences des banques, au nombre de 19, installées dans la zone contrôlée par la rébellion. Des contre performances sont notées particulièrement au niveau fiscal et de la transparence en raison, explique la Banque mondiale, « de la chute des revenus, de l’augmentation des dépenses liées à la crise et des difficultés comptables ».
Eu égard à la place prépondérante qu'occupe ce pays dans l'économie régionale (40 % du PIB de l'UEMOA), ces développements économiques affectent négativement la production et le commerce régional, en particulier dans les pays voisins que sont le Burkina Faso, le Mali, le Niger et la Guinée. Ceux-ci continuent de dépendre de son infrastructure de transport pour l'import-export et des fonds transférés par leurs diaspora respectives