Proptéines cours master 1
3086 mots
13 pages
PLIS PROTEIQUESRègles de construction Origine - Evolution Relations plis-séquences
STRUCTURE TERTIAIRE
Coordonnées cartésiennes de tous les atomes de la molécule
Chaînes latérales
Squelette peptidique
PLI TERTIAIRE
CLASSE
Composition et distribution des hélices ! et des brins " !
ARCHITECTURE
Agencement spatial et orientation relative des hélices ! et des brins "#
Représentation schématique de la géométrie du squelette peptidique
TOPOLOGIE
Connectivité des hélices ! et des brins "!
CLASSE:
Composition et distribution des hélices ! et des brins " !
N
1
2
3
4
5
6
7
8
Composition: 50% hélices !, 50% brins "# Distribution: alternance d’hélices et de brins
Classe !/"#
ARCHITECTURE:
Agencement spatial et orientation relative des hélices ! et des brins "#
Assemblage à 3 couches Feuillet " mixte enserré entre 2 couches d’hélices
Sandwich !/" à 3 couches (!/"/!)#
TOPOLOGIE:
Connectivité des hélices ! et des brins "#
C
N
8
7
6
5
N!
N!
Faisceau de 4 hélices Amas orthogonal à 4 hélices
N! N!
Hemerytrin
Apoferritin
1!
2!
3!
4!
4!
3!
1!
2!
Nombre limité de plis
107 espèces (~ 5000 gènes) !
5.1010 séquences!
Séquences dissimilaires $ plis tertiaires identiques Le code structural est dégénéré 1 pli $ 1 espace de n séquences
? Peuplement de l’espace des plis par les séquences (superplis, plis uniques) ? Origine et sélection des plis (contraintes énergétiques et stériques, sélection fonctionnelle ) ? Relations évolutives des plis
Séquences similaires $ plis tertiaires identiques Séquences très similaires $ protéines homologues Protéines homologues $ plis tertiaires identiques $fonctions identiques ou relatées
La structure 3D est mieux conservée que la structure primaire
Relation non buinivoque:
Protéines non homologues, séquences dissimilaires % même pli Séquences similaires% plis différents
RELATIONS!