GenBank

données expérimentales, calculs mathématiques/logiciel tableur - représentations graphiques/logiciel graphique - Tests statistiques/logiciel statistique - Support de vidéoprojection/logiciel de présentation - Analyses bioinformatiques: bases de données GenBank, SwissProt, ClustalW, Smart, Primer3… 30 X6B0100 Enzymes : applications industrielles et thérapeutiques L’utilisation des bioconversions enzymatiques représente une partie de la biotechnologie « blanche » ou « rouge » suivant que le domaine d’application

toulouse.inra.fr/prodom.html 6 http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html 7 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html 8 http://www.ddbj.nig.ac.jp 9 http://www.ebi.ac.uk/swissprot 10 http://pir.georgetown.edu Habilitation à diriger des recherches et al., 2000) et SWISS-PROT11 (Bairoch et Apweiler, 2000). Les deux premières correspondent à la traduction de toutes les parties codantes de l'EMBL et de GenBank respectivement (à l'exclusion des protéines figurant dans SWISSPROT dans le cas de la banque SP-TrEMBL)

tel-00131856, version 1 - 19 Feb 2007 Turquoise Dark Blue Purple NNPP promoter predictions GenPept hits (using BLASTX): GenPept consists of all the GenBank coding regions translated to amino acids EST hits (using BLASTN) Human repeat sequence hits (using BLASTN) xpound exon predictions GeneFinder exon predictions GRAIL exon predictions Genie exon predictions GenBank CDS (exons) Magenta/Red/Orange Open reading frames (>=150 bases), colored by frame Tableau 2.4 : Les couleurs des annotations en GENOTATOR

des séquences conservées communes à des unités de taxons élevés et des séquences variables spécifiques d'espèces. La séquence du gène codant l'ARNr 16S est connu pour environ 4000 souches et est accessible par comparaison de bases de données (EMBL, GenBank). Les programmes FASTA et BLAST (Altschul et al., 1997) permettent de comparer une séquence nucléotidique d'une souche inconnue avec les banques de séquence et retiennent les séquences les plus proches. La recherche d'une séquence spécifique de l'espèce

possible que deux de ces spots correspondent aux sousunités constitutives de la dioxygénase Pdo3, leur identification sur gel devrait être facilitée en ajoutant de la protéine Pdo3 à l’extrait protéique déposé. Dans la séquence récemment publiée dans GenBank par l’équipe de Cerniglia (Stingley et al., 2004), nidB et nidB2 codent pour deux sous-unités β très proches l’une de l’autre (un seul acide aminé diffère entre les deux). Par contre, aucune sous-unité α n’est détectée à proximité de nidB2. L’analyse

proposée : le logiciel Anagène (doc. 3), dont l’utilisation peut faire l’objet d’une évaluation au baccalauréat, et le logiciel gratuit Seaview (doc. 5), dont l’utilisation peut être précédée d’une recherche de séquences dans la banque de données Genbank. – La recherche dans les banques de données de séquences issues d’organismes très divers peut être utile pour montrer que chez tous les êtres vivants, l’information est codée en séquence de nucléotides, ce qui est un indice de la parenté entre les

sein d’une même chaîne (résultat donné doc. 3). Cette activité est l’occasion de construire un TP autour de l’utilisation de ces deux logiciels. Il est possible de se procurer les séquences peptidiques de différents anticorps anti-grippe sur le site GenBank (en anglais) : www.ncbi.nlm.nih.gov/protein. L’alignement des séquences peptidiques et leur comparaison peuvent aussi être effectués en ligne avec le logiciel ClustalW2 (en anglais) : www. ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2. Ces deux sources proposent

proposée : le logiciel Anagène (doc. 3), dont l’utilisation peut faire l’objet d’une évaluation au baccalauréat, et le logiciel gratuit Seaview (doc. 5), dont l’utilisation peut être précédée d’une recherche de séquences dans la banque de données Genbank. – La recherche dans les banques de données de séquences issues d’organismes très divers peut être utile pour montrer que chez tous les êtres vivants, l’information est codée en séquence de nucléotides, ce qui est un indice de la parenté entre

DC: National Academy Press. NCAER (Conseil national de la recherche appliquée en économie). 1999. India Human Development Report. New Delhi: Oxford University Press. NCBI (National Centre for Biotechnology Information). 2001. « GenBank Growth. » [www.ncbi.nlm.nih. gov/Genbank/_genbankstats.html]. 8 février 2001. Nepal South Asia Centre. 1998. Human Development Report of Nepal 1998. Kathmandu: Programme des Nations Unies pour le développement. New Scientist. 2001. « Breaking the Rules : Almost a Third