GenBank

forme pharmaceutique Médicament candidat Développement préclinique Essais cliniques Pharmacogénétique Pharmacogénomique MÉDICAMENT IDENTIFICATION ET VALIDATION DE NOUVELLES CIBLES THÉRAPEUTIQUES LA GÉNOMIQUE : LE HUMAN GENOME PROJECT GENBANK Salle de séquençage au Genopôle d’Évry Ere Post-Génomique Identification des fonctions biologiques codées par les gènes Identification de nouvelles cibles thérapeutiques Génotype Phénotype ADN ARN messagers Transcriptome

NWDMVGNNTPVFYLRDPLKFPDLNHIVKRDPRTNMRNMAYKWDFFSHLPESLHQLTIDMS Sbjct: 121 NWDMVGNNTPVFYLRDPLKFPDLNHIVKRDPRTNMRNMAYKWDFFSHLPESLHQLTIDMS 180 SECTION 5 SECTION 1 SECTION 2 SECTION 3 SECTION 4 Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF Posted date: Feb 23, 2004 2:28 AM Number of letters in database: 547,437,766 Number of sequences in database: 1,663,927 Lambda K H 0.319 0.137 0.422 Gapped Lambda

"immortelles" artificiellement. A partir de patients : Comparaison de PCa humaines et de biopsies de BHP (hyperplasie prostatique bénigne) Analyse de l’expression d’IKCa1 : - RT-PCR : isolation d’ARN total, expériences RT-PCR, primers PCR (Genbank + Invitrogen) - Immunofluorescence Association d’IKCa1 et TRPV6 : - Transfection cellulaire de siRNA - Western Blot et immunoprécipitation Rôle dans la prolifération : - Prolifération et apoptose Mécanismes induits à cet effet : - la

ainsi que qu'Autoassembler ( Parker 1997 ) et BioEdit (Hall, 1998 ) pour aligner des séquences d'ARNm provenant de GenBank (http://www.ncbi.nih.gov ). L'identification initiale du MRE putatifs a été effectuée en utilisant qu'Autoassembler pour aligner une bibliothèque de l'extrémité 5 '8 nt de chaque homme et la souris microRNA connu avec le nPTB homme et la souris ARNm à partir de GenBank. Énergies libres pour l'hybridation des séquences de semences de microARN avec des séquences d'ARNm ont été déterminés

niveau protéique est indiqué entre parenthèses, précédé de « p. ». La séquence de référence utilisée doit être indiquée. Exemple : pour un patient porteur de deux mutations à l’état hétérozygote dans le gène de la dysferline (séquence de référence GenBank NM_003494.2) : Exon 9 : c.895G>T (p.Gly299Trp) HTZ : il s’agit d’une substitution d’une guanine par une thymine dans l’exon 9 du gène de la dysferline, responsable théoriquement du remplacement d’un acide-aminé glycine par un acide-aminé tryptophane

sur le vecteur (M13F&R, pJet2.1F&R), soit via les amorces ayant conduit aux amplicons purifiés. Analyse des séquences La nature des séquences obtenues est validée par recherche de similitudes avec les séquences présentes dans la banque de données GenBank à l’aide du programme BLAST® (9). Les alignements ont été réalisés à l’aide du programme BioEdit (10). Résultats Sous-unité 7 Les trois types de PCR impliquant plusieurs combinaisons d’amorces, les deux Taq et les deux types de vecteur ont été utilisés

comparées avec des bases de données de séquences déjà connues. Les séquences du gène codant l’ARNr 16S sont connues pour plus de 4 000 souches bactériennes. Ces séquences peuvent être consultées par interrogation de banques de données telles qu'EMBL et GenBank par les logiciels Fasta et Blast. Le Ribosomal Data Project II (RDP) est également intéressant dans la mesure où sa base de données est spécifique de l’ARN 16S. Ces logiciels sont accessibles en ligne sur l’internet. Selon les différents auteurs,

Moléculaire qui est longtemps resté à Heidelberg et qui se trouve actuellement près de Cambridge au sein de l'EBI (European Bioinformatics Institute). Du coté américain, soutenue par le NIH (National Institute of Health) une banque nucléique nommée GenBank a été créée à Los Alamos (Bilofsky et al., 1986). Cette base de données était distribuée par la société IntelliGenetics et est difusée maintenant par le NCBI (National Center for Biotechnology Information). La collaboration entre ces deux banques

+modelling +encode +nucleot_sequenc -non _coding -recombinant -algorithm -biomolecular -expression -model -gene _express -molecul_dynamic -non _coding -program -protein_sequenc -simulation -recombinant +annotation -regulation +database +molecular +genbank +sequenc_databas +control +feedback +feedbac_control +feedbac_loop +feedbac_regulat +mechanism +negativ_feedbac -expression -gene _express -module -transcr_regulat +autoregulation +gene_expr_leve +gene _regulat +regulat_genes +regulat_interac

protéine de PDS qui a inclus 33 acides aminés d'amont de PDS-Commencent était fonctionnelle, indiquant que le bout droit des résidus d'acide aminé 77-107 est exigé pour exprimer la protéine active. L'alignement de 17 ordres de protéine de l'usine PDS de GENBANK a indiqué un bout droit fortement conservé de 39 acides aminés d'amont du codon non-sens du PDS dans Synechococcus. Une recherche des motifs dans cette région de Hydrilla PDS, using le MOTIF de logiciel (http://motif.genome.jp/), a identifié deux