Les critères de scientificité de Popper posent problème dans les sciences humaines, où ils sont difficiles voire impossibles à appliquer. En effet : l'expérimentation contrôlée y est la plupart du temps impossible, notamment dans les sciences sociales ; mais c'est le cas aussi en astronomie, paradigme de la science. la comparaison de situations observées n'est pas probante car il est impossible d’être sûr que toutes les conditions sont les mêmes ; mais il faut procéder à des "analyses situationnelles", lesquelles intègrent des généralités de tout ordre. il est difficile de séparer les effets des différentes causes qui interviennent dans les situations observées. Mais ce problème est tout à fait général. Il en résulte que le critère de réfutabilité n’est opératoire que dans les sciences expérimentales ou d’observation, comme l'astronomie ou l'histoire (observation critique des documents de tous ordres). Cette position est celle du dualisme méthodologique, selon lequel les méthodes applicables aux sciences de la nature d'une part, et celles applicables aux sciences humaines d'autre part, sont différentes. Elle est l'un des fondements de l'École autrichienne d'économie. Popper quant à lui soutient à la fois l'unité méthodologique de toutes les sciences, et la spécificité des sciences humaines, ou un "principe de rationalité" est souvent à l'œuvre. Popper a donc défendu l'unicité du modèle scientifique. Dans une controverse fameuse avec Theodor Adorno, il défend même l'idée que la sociologie comme science sociale, peut se soumettre à la falsifiabilité. L'ensemble de ce débat est résumé dans un ouvrage : De Vienne à Francfort. La querelle des Sciences Sociales, 1979 (voir à l'intérieur de cet ouvrage la conférence de Popper : « La logique des sciences sociales », et la réponse d'Adorno « Sur la logique des sciences sociales »). À l'extrême et à des degrés divers, ce problème donne lieu à des controverses autour de domaines tels que la psychanalyse ou