Ce roman possède à la fois une influence morale et littéraire. En effet, Rousseau dépeint dans son œuvre passion, vertu et une référence à la nature.
Tous ces sentiments, se regroupent alors pour influencer moralement le lecteur. Ainsi, contrairement à Marivaux où l'émotion était l'aboutissement d'une analyse subtile, la sensibilité dans la Nouvelle Héloïse résulte d'avantage de la raison.
Les lecteurs de ce roman apprécièrent alors les délices des sentiments passionnés et de la vertu. Cependant, il ne faut pas oublier les mœurs de l'époque avec un libertinage assez présent qui sera explicitement dévoilé dans Les Liaisons Dangereuses. L'influence de Rousseau sur la société du XVIII fut ainsi d'un apport bénéfique. En effet, Julie prévient elle-même le lecteur des sentiments opportuns. De ce fait, de nombreux contemporains - débauchés repentis ou femmes du monde - affirment avoir changé leur mode de vie, touchés par la grâce des vertus de Julie.
Rousseau se sert donc de son œuvre pour combattre le rationalisme de l'époque, en faisant de la vertu une volupté et du sentiment religieux un plaisir.
L'influence littéraire n'est pas moins considérable. En effet, elle prépare à la plus grande période de la littérature française, le romantisme. La Nouvelle Héloïse, qui décrit le culte de la passion préparera au roman personnel et au roman-confident.
Ainsi, dans Le Lys dans la vallée de Balzac, on retrouve un lien étroit entre le paysage et les états d'âmes. Par son art également, Rousseau réoriente la littérature vers le lyrisme. La transparence du cœur se traduit alors en une prose rythmée comme nous pouvons l'apercevoir dans la lettre vingt trois de la première partie.
Pour ainsi dire, Rousseau s'écarte de l'art classique en se détachant de la lucidité et en renforçant la suggestion et l'émotion.