La théorie de la séparation des pouvoirs désigne la distinction entre les différentes fonctions de l’État, mise en œuvre afin de limiter l’arbitraire et d’empêcher les abus liés à l’exercice de la souveraineté. Cette doctrine, qui est au cœur de l’organisation actuelle de nos institutions, garantit l’indépendance fonctionnelle des juridictions par rapport aux différents pouvoirs.
La théorie classique de la séparation des pouvoirs distingue dans tout régime politique trois fonctions fondamentales : le pouvoir législatif édicte les normes générales organisant la vie sociale, tandis que le pouvoir exécutif se charge de l’exécution de ces règles et de la gestion de leurs conséquences administratives, et que le pouvoir judiciaire en assure l’application dans le cadre du règlement des litiges.
On retrouve cette distinction dans la Constitution de la Ve République, qui garantit solennellement l’indépendance de la fonction judiciaire à l’égard des autres pouvoirs :
L’indépendance de la justice par rapport au pouvoir législatif résulte d’une double interdiction : celle faite aux juges de se substituer au législateur en rendant des décisions générales et impersonnelles (les arrêts de règlement), et celle faite au législateur d’intervenir (sauf impérieux motif d’intérêt général) dans une affaire judiciaire en cours en édictant une loi rétroactive.
L’indépendance de la justice par rapport au pouvoir exécutif est garantie par la séparation des fonctions administratives et judiciaires, ainsi que par diverses règles statutaires (cf. la question "La justice est-elle indépendante et impartiale ?").

Les sources de notre système judiciaire doivent être recherchées dans les origines même de nos institutions étatiques. En effet, non seulement la naissance puis l’affermissement de l’État en France sont concomitants de l’unification de la justice royale, mais encore l’histoire de la justice française est indissociable de celle de la construction, depuis le haut Moyen Age jusqu’à