Pendant la "drôle de guerre" de septembre 1939 à avril 1940, le trafic portuaire et l’activité industrielle restent intenses.
Le conflit proprement dit se limite à un bombardement aérien du Port en juin 1940.
Quelques jours après la capitulation, le 23 juin 1940, le vice-amiral à la retraite Émile Muselier quitte Marseille à bord du charbonnier anglais Cydonia en direction de Gibraltar, d’où il gagne Londres en hydravion.
Il jouera les premiers rôles dans l’histoire de la Résistance.
L’année 1941 est relativement calme ; par contre 1942 est plus pénible pour les Marseillais :
- les difficultés de ravitaillement et le chauffage se multiplient, d’autant plus après la dramatique explosion de l’usine à gaz des Crottes le 23 février ;
- le 14 juillet, une manifestation patriotique sur la Canebière est brutalement réprimée par des hommes de main de Simon Sabiani, qui tirent sur la foule ;
- l’occupation de la "zone libre" par les troupes allemandes à partir du 11 novembre se traduit par l’instauration d’un couvre-feu et l’aggravation de la pénurie alimentaire.

En 1943, les épreuves perdurent :

- Une rafle suivie de déportations décime le quartier du Panier, lequel est ensuite dynamité par l’armée allemande (quatorze hectares de la vieille ville sont détruits) ;
- le "Service du Travail Obligatoire" se met en place ; jusqu’en juillet 1944, ce sont 18 000 marseillais qui sont forcés de partir travailler en Allemagne, dont 2000 ne reviendront pas ;
- tous les hommes de 16 à 60 ans participent, dans le cadre du "Service des six jours", à la construction du "mur de la Méditerranée" en édifiant un rempart de béton, hérissé de blockhaus, entre les quartiers de Bonneveine et du Roucas-Blanc ;
- la répression contre les résistants s’appesantit ;
- un bombardement anglo-américain le 2 décembre sème la terreur dans le quartier de Saint-Louis, faisant 50 morts.

En 1944, l’occupation allemande se fait de plus en plus écrasante, et la répression, menée