Le destin est un thème particulièrement présent dans l’œuvre. En effet, toutes les actions gravitent autour de la détermination qu’a Énée d’accomplir son destin, pour le bénéfice de son fils, et des nombreuses générations de héros qui lui succèderont. Bien qu’il y ait un nombre considérable de personnages qui tentent de dissuader Énée et de l’écarter de son destin, leurs tentatives et les obstacles qu’ils mettent sur la voie du héros ne parviennent qu’à retarder les projets des Troyens, sans jamais nuire véritablement à la fondation de la cité qui deviendra un jour le centre du glorieux Empire romain.
Cette finalité du destin est mise en avant à plusieurs occasions dans les chants, par exemple lorsqu’Énée reçoit de Vulcain un bouclier sur lequel la scène fondatrice de Rome est peinte, ainsi que le futur de l’Empire. Toutefois, la place des dieux par rapport au destin est particulière dans L’Enéide.
« Si mon pouvoir divin ne suffit plus, pourquoi hésiterais-je à implorer n’importe quel secours ? S’il m’est impossible de fléchir les dieux du ciel, je soulèverai l’Achéro