L’histoire se passe dans la péninsule californienne du Mexique, dans un village assez pauvre, La Paz, où l’on vit de la pêche de perles d’huîtres. Kino, un modeste pêcheur indien, y vit avec sa femme Juana et leur fils Coyotito. Malgré leur misère, ils savent apprécier les bonheurs simples et ils fredonnent toujours une mélodie : celle de la famille, de la mer…
Un jour, au petit-déjeuner, Kino ressent la mélodie du mal. Un scorpion descend vers le lit de Coyotito, et malgré les efforts de son père pour éviter l’accident, le scorpion pique l’enfant à l’épaule. Une blessure comme celle-ci peut être mortelle pour un nourrisson. Juana tente d’extraire le poison en suçant la blessure.
Ils décident d’emmener Coyotito chez le médecin mais celui-ci refuse de les recevoir en faisant croire qu’il est absent, car ils n’ont pas assez d’argent pour payer. Kino décide alors de trouver une perle qui permettrait de guérir son fils. Il part pour la pêche, utilisant la pirogue de son grand-père, le seul bien que le jeune Indien possède et qui lui assure sa survie. Juana de son côté place un cataplasme d’algues su