Il a décidé de vivre de sa plume, d'être " homme de lettres ". De 1862 à 1868, il mûrit ce projet : ce sont six années d'intense activité intellectuelle, de réflexion, de recherche, d'essais, qui aboutiront, en 1867, à Thérèse Raquin, son premier grand roman, et, peu après, à la mise en place de la grande fresque des Rougon-Macquart, qu'il mettra vint-cinq ans à écrire. Durant cette période, la réflexion critique l'emporte sur l'activité créatrice. Elle s'exprime à travers lettres et articles de journaux. Zola suit deux maîtres : Littré, pour lequel son admiration ne se démentira pas, et Taine, auquel il reconnaît d'immenses qualités, mais dont l' esprit de système lui fait peur Il reprend à son tour la comparaison, constante à cette époque, du romancier ou du critique, " scalpel à la main ", sont comme le médecin qui " fouille les chairs " du cadavre humain, en cherche les " ressorts avec passion "; il font l'anatomie de la névrose qui secoue le siècle - névrose morale et névrose sociale. Comme ses contemporains, en effet, Zola a conscience de vivre dans une époque de transition où s'accélèrent, d'une part, les mutations entraînées par la révolution de 1789 et la disparition de certaines valeurs sociales, morales ou religieuses, et, d'autre part, les découvertes scientifiques et leurs applications. Le roman doit s'attacher à l'étude de cette génération d' " esprits affolés et hystériques ".

Mais ce recours à la physiologie ne doit pas servir à " contenter les appétits grossiers de la foule ". Il doit aider à la grande enquête scientifique sur l'homme. Zola refuse aussi bien les oeuvres qui se servent de la physiologie à des fins commerciales que celles qui, à l'opposé, se développent en pleine imagination, répondant aux goûts d'un public avide " de mensonge, de vertu et de grandeurs fausses ". Si le romancier doit se fier aux seuls faits, il ne doit pas se borner à les accumuler. Son but est " la recherche de la vérité à l'aide de l'analyse des êtres