IBBG doit, en tant qu’Organisme Administratif Autonome (OAA) de 1èrecatégorie, tient donc comptabilité selon les dispositions prévues du texte fondamental en matière budgétaire en Région de Bruxelles-Capitale est l'Ordonnance Organique du 23 février 2006.
Pour élaborer ce budget, l’IBGE utilise une logique de « Bottom-up » jusqu’à ce qu’un budget global pour l’ensemble de l’IBGE soit obtenu et arrive dans les mains du Parlement régional bruxellois, qui va, pouvoir voter un budget pour l’IBGE pour une année
Toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être détaillées article par article (nature, montant), ce qui implique une double limite.
Tout d’abord une limite qualitative car chaque article budgétaire décrit une nature de dépense, ce qui signifie que les dépenses imputées à un article budgétaire doivent correspondre au libellé de l’article. Et également une limite quantitative vers le haut: le montant ne peut pas être dépassé; et vers le bas: le montant doit être dépensé. En effet, le Gouvernement et le Conseil Régional Bruxellois, par le vote du budget, entendent bien voir s’exécuter les actions envisagées.

Ce travail nous a permis de constater, que les recettes d’IBGE au sens strict (93.408.000 € en 2011) comprennent les dotations accordées à l'Institut par la Région dans le cadre de ses missions, des recettes des fonds budgétaires liés à l'environnement, des recettes liées à d'autres politiques régionales (primes à l'embauche via Actiris, financement de projets européens via la politique de la ville…), ainsi que d'autres recettes (vente de publications, location d'espaces verts, service fournis à des tiers, intérêts bancaires, remboursements divers, autres financements européens…).

Concernant le budget des dépenses, celui-ci détaille les moyens financiers dont dispose l’Institut pour accomplir les missions définies dans ses statuts et précisées annuellement dans son programme de travail.
Il en ressort que les salaires et charges sociales