À l'origine, la didactique n'est pas nettement différenciée de la science qui s'occupe des problèmes d'enseignement : la pédagogie[1]. Mais progressivement, la didactique se différencie de la pédagogie par le rôle central des contenus disciplinaires et par sa dimension épistémologique (la nature des connaissances à enseigner).
À ses débuts, ce sont des spécialistes de chacune des disciplines qui initient les recherches en didactique. On peut citer par exemple G. Brousseau, G. Glaeser, et Y. Chevallard en mathématiques ; J.-F. Halté et J.-P. Bronckart en français ; Goéry Delacôte, J.L. Malgrange et L. Viennot en sciences expérimentales.
Des rapprochements ont eu lieu plus tard avec les sciences de l'éducation, favorisés par l'existence de structures comme l'Institut national de recherche pédagogique (INRP), qui a un département de didactique des disciplines, et la création des instituts universitaires de formation des maîtres (IUFM). C'est ainsi que des physiciens, des biologistes et autres spécialistes ont pu devenir enseignants-chercheurs en sciences de l'éducation, tout en menant des travaux de didactique dans leur discipline.

Philippe Meirieu s'interroge, en 1987, sur la place respective de la didactique et de la pédagogie. Il conclut : "À travers les nombreux débats qui opposent la pédagogie centrée sur l'enfant et la didactique centrée sur les savoirs, se réfractent un très vieux problème philosophique en même temps que des oppositions qui sont stériles, parce que l'apprentissage, c'est précisément la recherche, la prospection permanente dans ces deux domaines et l'effort pour les mettre en contact. Il faudrait enfin qu'on arrive à sortir de cette méthode qui consiste toujours à penser sur le mode de variation en sens inverse, à dire que plus je m'intéresse à l'élève, moins je m'intéresse au savoir ou plus je m'intéresse au savoir, moins je m'intéresse à l'élève..."[2] Pour cet auteur, c'est l'apprentissage qui est capable d'intégrer les doubles