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coïncidence entre la durée du mandat présidentiel et celle de l’Assemblée nationale, avant la révision constitutionnelle relative au quinquennat, est venue remettre en cause cet équilibre institutionnel. La défaite de la majorité présidentielle aux élections législatives de 1986, 1993 et 1997 a ainsi eu pour conséquence le retour à un fonctionnement parlementaire du régime. En effet, si le président de la République est désavoué aux élections législatives et ne démissionne pas, il ne peut nommer un Premier ministre dépourvu de majorité parlementaire. Il doit donc nécessairement le désigner au sein de cette dernière.Le chef de l’État perd ainsi sa fonction de chef de l’exécutif, la légitimité issue de l’élection présidentielle ayant été en quelque sorte effacée par celle provenant des élections législatives.
Dans ce cas de figure, le chef du Gouvernement n’est donc plus responsable devant le président de la République. Il ne peut gouverner qu’en s’appuyant sur l’Assemblée nationale qui redevient ainsi la seule et unique source de légitimité du Gouvernement. Il est toutefois difficile pour cette assemblée de mettre en cause la responsabilité de l’équipe gouvernementale. En effet, le président de la République, devenu le chef de l’opposition parlementaire, pourrait tirer parti des désaccords entre la majorité parlementaire et le Gouvernement et procéder à une dissolution et à de nouvelles élections législatives.
Le retour au fonctionnement parlementaire dans les périodes de cohabitation ne signifie donc pas que le rôle des assemblées parlementaires soit plus important que dans les périodes de fonctionnement normal du régime. La cohabitation renforce les contraintes issues du fait majoritaire.
Par ailleurs, le chef de l’État conserve en cas de cohabitation des prérogatives plus importantes que celles qu’il détenait sous les Républiques