À chacune de ces deux ambitions correspond une partie du traité :
1. Les chapitres I à XV veulent établir l'utilité et la nécessité du libre exercice de la raison pour la piété.
Au sein de cette section, les chapitres I à V traitent de la révélation et de l'élection par Dieu à partir du seul texte de la Bible. Les chapitres VI à XIII traitent des rapports respectifs de la raison avec la foi, et aboutissent, au chapitre XIV, à la question décisive : "la liberté de juger est-elle impie ?", qui trouvera sa réponse au chapitre XV dans une définition de la piété par les œuvres et non par les opinions.
2. Les chapitres XVI à XX veulent établir l'utilité et la nécessité du libre exercice de la raison pour l'État quel qu'il soit.
Cette seconde section, pour être (deux ou trois fois) plus brève que la précédente, n'en est que plus dense. Le propos est d'établir le "jus circa sacra" (le "droit auprès des affaires sacrées"). L'objet du chapitre XVI est de trouver la limite de l'emprise du pouvoir étatique sur les individus, et de déterminer ainsi, en négatif, les libertés civiles ou droits naturels des individus. Les chapitres XVII et XVIII se servent du critère limitatif trouvé pour diagnostiquer l'État hébreu de l'Ancien Testament, sa grandeur et sa chute. Le chapitre XIX établit que, si le culte intérieur (foi, opinions, croyances) appartient à l'individu, le culte extérieur doit être encadré juridiquement par l'État, sans quoi il diviserait l'État. Enfin, le chapitre XX démontre à partir de tout cela que "dans une libre République, il est permis à chacun de penser ce qu'il veut et de dire ce qu'il