Le choléra décrit par Giono est loin de correspondre à la véritable réalité de cette maladie. Il est vrai que la Provence a été ravagée en 1834, quatre ans avant l’année où se déroule l’action, par une épidémie de choléra. Cependant, le lecteur s’apercevra vite que la représentation que l’auteur en fait est loin d’être véridique, et détient donc à coup sûr une utilité toute autre.
En effet, il faut plus considérer la maladie dans Le Hussard sur le Toit comme un outil servant à exacerber le caractère des personnages, à les placer face à une situation affreuse, celle qu’impose la quarantaine, la promiscuité constante avec la maladie, et la crainte permanente de la contagion. Ces facteurs créent une atmosphère inhumaine, contraignante, dans laquelle nul humain ne peut vivre de façon normale. Cette atmosphère va jusqu’à altérer des éléments du quotidien comme le ciel ou encore le soleil dont Giono dit: « On a l’habitude d’associer le soleil à l’idée de joie et de santé. Quand nous le voyons en réalité se comporter comme un acide dans des chairs semblables aux nôtres (…) sous le simple prétexte qu’elles sont mortes, nous avons