Nous connaissons peu de choses sur la vie de Baburen. Il serait né soit vers 1594-5 dans une très bonne famille dans la province d’Utrecht. Des documents attestent son apprentissage auprès de de Paulus Moreelse à Utrecht. Moreelse est un peintre de portraits principalement, mais il peignit également des scènes d’histoire au style maniériste. Au même moment à Utrecht, deux autres peintres, gerrit Van Honthorst et Hendrick Terbrugghen ont comme maître Abraham Bloemaert.
En 1611, Bloemaer (peintre maniériste) figure parmi les fondateurs de la guilde de Saint-Luc d’Utrecht, au sein de laquelle il occupera la fonction de doyen en 1618. Entre-temps, en 1612, en compagnie de Paulus Moreelse, il avait également fondé une académie de dessin, la « Tekenacademie ».
Il part à Rome, on pense vers 1612. Il peint une déposition avec David de Haen, un autre peintre néerlandais, en 1617 pour la chapelle de la Pietà à San Pietro in Montorio, qui s’y trouve toujours.
Il cotoie Bartolomeo Manfredi Il fut peut-être l'élève du Caravage et, en tout cas, un des émules de son style innovant, avec son clair-obscur soutenu, et son insistance sur le naturalisme, avec un don pour raconter une histoire à travers l'expression et le langage corporel de ses personnages le Caravage exerça une grande influence sur les artistes de la génération suivante, en particulier à Rome et Naples. Et parmi ces « caravagesques », c'est Manfredi qui semble avoir le plus d'effet pour transmettre l'héritage du maître auprès des peintres étrangers venus étudier en Italie, notamment de France et d'Utrecht. Gerard Seghers (ou Segers; 1589-1651) fut l'un de ses élèves1.

Il va peindre prométhée enchainé par vulcain un an après son retour en Utrecht en 1623 .
Baburen est décédé tôt, en 1624. Il avait 30 ans ; il n’a donc pas eu le temps de montrer une évolution artistique.
Il rentre certainement aussi en hollande car Terbrugghen et honthorst sont déjà rentrés. S’il est rentré c’est aussi lié à la trêve de 12