Les péripéties de Candide servent à mener une charge contre les institutions du 18ème siècle. Parmi les cibles de la critique de Voltaire, on retrouve la noblesse et l'église, le fanatisme et l'intolérance mais aussi la guerre et l'esclavage.
La noblesse est présentée comme imbue d'elle-même et coupée des réalités du monde. Le château du début du conte, bien qu'il semble un paradis au jeune Candide, n'est qu'une propriété banale qui ne justifie en rien l'orgueil démesuré qu'en tire le Baron. Candide lui-même se voit refuser tout titre de noblesse et le Baron refuse de le reconnaître car le père de Candide, bien que noble, ne l'était pas assez. Voltaire critique ici l'aristocratie, qui refuse de considérer un homme pour sa valeur propre et s'attache à des valeurs vides comme les titres de noblesse.
L'église en tant qu'institution et les hommes qui la composent sont des cibles privilégiées de la critique de l'auteur. Son incapacité à s'ériger contre la politique de guerre des pays et son indifférence au massacre causés par les conflits révoltent l'auteur qui reproche à l'institution de profiter de la crédulité et du manque d