Voltaire donne à son œuvre une touche religieuse car la société française du XVIIe siècle était en quelque sorte gouvernée par l’Église. Ainsi fait-il référence à plusieurs figures religieuses (le prieur pour signifier prêtre, évêque, etc.), monuments (église Notre-Dame de la Montagne) et coutumes (« rendre grâce à Dieu », chanter le « Te Deum ») de la religion catholique. Mais si Voltaire insère ces références religieuses dans son œuvre, c’est pour appuyer la satire qu’il fait du régime religieux en France au XVIIe siècle. D’ailleurs, il se sert de deux des sacrements les plus importants de la religion catholique : le baptême et le mariage, pour démontrer ses arguments.
Premièrement, Voltaire conduit le lecteur à réaliser que la plupart des chrétiens (ou ceux qui se disent chrétiens) respectent les lois et pratiques de l’Église catholique sans toutefois les comprendre. On le remarque d’ailleurs par la conduite de Mlle de Kerkabon, qui souhaitait « absolument » être la marraine de l’Ingénu, bien qu’elle ne sache pas ce qu’une telle responsabilité représentait sur le plan spirituel : « Elle ne savait pas à quoi ce grand titre l'