Le Fantôme de maître Guillemin se déroule au Moyen Âge en l’an 1481 à Nantes, dont le cadre est rendu de façon réaliste à travers de nombreux détails. Un jeune garçon d’à peine douze ans, Martin Eder, se retrouve à l’université de Nantes, ayant obtenu son bac précocement – lequel s’obtient d’ordinaire, à l’époque, à quatorze ans. Sa mère l’a abandonné à la porte de l’hospice d’Angers, il est donc orphelin et livré à lui-même très jeune. Martin est brillant mais réservé ; il vit au beau milieu de gamins insolents, désagréables et chahuteurs.
Au collège Saint-Jean, où il est hébergé au-dessus des salles de cours en échange de petits travaux rendus aux moines, l’atmosphère y est étrange ; en effet, on raconte que le fantôme de maître Guillemin, le fondateur du collège, hanterait les lieux en permanence.
Certains étudiants plus âgés ne sont pas tendres avec Martin ; un soir, ils le jettent même dans les escaliers par simple méchanceté. Il a donc énormément de mal à s’intégrer du fait de ces actes de bizutage et en vient à souhaiter secrètement la mort d’un de