Publié en 1922, Le Pénitencier est le second tome de la saga Les Thibault, qui comprend huit parties. Ainsi, il fait suite au Cahier gris et reprend l’histoire neuf mois après l’incarcération du cadet Thibault par son père à la Fondation de Crouy, la Fondation Oscar Thibault.
Pris de doutes quant aux traitements qu’y subir son jeune frère, Antoine décide de s’y rendre sans en demander l’autorisation à son père car celui-ci est le seul à venir le voir depuis sa réclusion.
Néanmoins, ce qu’il y observe en premier lieu finit par plus ou moins le convaincre qu’il s’est fait du mauvais sang inutilement. Toutefois, certains détails ne manquent pas de le troubler et comme il rate son train, il retourne à la fondation et finit par comprendre, après avoir passé du temps avec son frère, ce qu’il en est réellement.
Antoine regrette d’avoir pensé que son père ainsi que l’abbé Vécard avaient raison de vouloir interner Jacques à la fondation, ce dernier affirmant à l’époque : « L’isolement produit des cures merveilleuses ».
Ainsi, il entretient son père de ce qu’il vient de voir, sans tenir