Un autre aspect de la Lettre sur les aveugles qui lui a valu les foudres des institutions religieuses est le fait qu’il mette en question l’existence de Dieu. En effet, non seulement la question de la croyance morale des aveugles est soulevée, mais encore la question de la croyance métaphysique est mise en avant.
Par exemple, dans la conversation avec l’aveugle-né Saunderson, Diderot rapporte la réponse de celui-ci à l’argument selon lequel les merveilles de la nature sont la preuve de l’existence de Dieu : « Si vous voulez que je crois en Dieu, il faut que vous me le fassiez toucher ». Diderot ne prétend pas que les aveugles ne peuvent croire en Dieu, il démontre simplement que la croyance basée sur une révélation ou tout autre élément hors de l’expérience ne sont en aucun cas valides.
La perfection de l’ordre naturel est également remise en question. En effet, l’ordre naturel censé être l’œuvre parfaite de Dieu n’est pas exempt d’imperfections puisqu’il existe des hommes qui sont affublés d’étranges défauts : « Voyez-moi bien, monsieur Holmes, je n’ai point d’yeux. Qu’avions-nous fait à Dieu, vous et moi, un pour avoir cet