La suite de la réflexion, une fois les rôles de chaque organe définis, selon que cet élément ait une fin précise ou non, et que son but soit général ou fixé par la nature, se focalise sur le rôle des organes et leurs interactions dans un même organisme. Aristote va ainsi prendre des exemples, que ce soit chez les êtres humains ou chez différents types d’animaux, mammifères ou non, pour montrer la logique de l’organisme, qui n’est autre que l’organisation des différents éléments du corps, les organes. Il rapproche, dans une étude des intestins et de l’estomac chez les quadrupèdes ovipares et chez les reptiles, les points communs aux animaux ovipares, quadrupèdes ou reptiles. Il découvre également que chez tous les animaux ayant du sang, les viscères se ressemblent. Il met en lumière une certaine complémentarité entre tous ces éléments.
Il étudie le système digestif et va jusqu’à comparer les excréments. Pour le système respiratoire, il rapproche tous les animaux terrestres, et les oppose aux animaux marins qui n’ont pas des poumons mais des branchies. L’auteur décrit le rôle de chacun des él