Comme on peut le constater à travers la présentation des personnages, le thème principal de notre corpus est la religion, la foi. La religion catholique est au centre de cette œuvre. Dès le titre, Gide nous situe déjà dans ce contexte avec le « Vatican ». Il dépeint une religion catholique qui n’est pas toujours glorieuse. En effet, Anthime le cartésien semble plus heureux que le converti. L’Église catholique n’a pas tenu les promesses qu’elle lui a faites et il se retrouve dépourvu. Elle s’est, en quelque sorte, « servi » du miraculé pour ensuite l’abandonner. De fait, sa présence et son discours au jubilé a sûrement drainé vers l’Église de nombreuses âmes hésitantes. Même s’il est vrai que la Loge à laquelle il appartenait jusque-là a elle aussi ses contraintes, l’Église le convint de leur tourner le dos pour ensuite l’abandonner à une condition misérable. Par ailleurs, Gide nous montre également, à travers le personnage d’Anthime, une Église catholique « laveuse de cerveau ». En effet, l’homme très actif a laissé la place à un zombi qui se complait dans une situation invivable.
De plus, la religion rend très crédule, c’est a