Le récit des Caves du Vatican s’ouvre sur un nom : Anthime Armand-Dubois, un franc-maçon. Son nom constitue le titre du livre premier de cette œuvre qui en compte cinq. Nous sommes vers 1890 sous le pontificat de Léon XIII et Anthime Armand-Dubois est invité à Rome par un docteur reconnu dont le nom n’est pas révélé. Julius Baraglioul, le beau-frère du franc-maçon,estime que ce dernier, dont l’âme est impure, a grand besoin de ce séjour à Rome pour se rapprocher de Dieu et guérir son âme. Seulement, Armand-Dubois se moque de lui car les préoccupations religieuses ne l’intéressent pas. Même son épouse Véronique, pieuse, a fini par céder à ses pensées et n’espère plus qu’un miracle pour raviver la foi de son époux. Son désir est loin de se réaliser car dès qu’ils s’installent à Rome, son époux s’adonne aux recherches scientifiques tandis qu’elle continue de mener une vie de prières et de dévotion.
Le couple partage le même toit mais chacun mène sa vie de son côté, comme des étrangers. Ils occupent un appartement dans lequel l’orangerie sert de laboratoire à Anthime et la te