Bien qu’elle donne son nom au roman, Marguerite de Valois, reine de Navarre (dont « Margot » était en effet le diminutif) n’en est pas à proprement parler le personnage principal. Elle n’est pas au centre du récit, qu’elle influence certes mais dont elle n’est pas un acteur jusqu’à la toute fin. Ses amours avec La Mole sont en marge de l’histoire politique qui forme la trame principale, et bien qu’elle soit un personnage important, elle sert surtout d’alibi à son mari et le protège. En retour de quoi il ne l’importune guère.
Pour s’assurer la sympathie d’un public peu tolérant avec l’adultère, Dumas ne les fait pas consommer le mariage, permettant à Marguerite et à Henry de s’intéresser à leurs véritables amours. Pour expliquer cet entendement il nous dit que Marguerite est « ambitieuse » et intéressée par la possibilité d’être reine de Navarre, et peut-être un jour reine de France ; mais cette ambition ne se voit guère. Marguerite semble plutôt être une jeune femme qui s’amuse, parfois en dépit du bon sens. Son amour pour La Mole la pousse quelques fois à commettre des fo