Mais le fil conducteur du récit et son thème omniprésent reste la musique. Elle sert des buts différents selon les personnages du roman considérés.
Pour Sainte Colombe, la musique est un exutoire à son chagrin. Il se remet à elle lorsque son épouse décède et s’enferme dans les mesures et le rythme de ses compositions. La musique et les apparitions du fantôme de son épouse sont des éléments de la vie du personnage dont il ne peut se départir ; il n’y a pas de doute : l’un et l’autre sont intimement liés dans son esprit. En effet, l’un comme l’autre découlent de son for intérieur et sont des créations qu’il chérit :
« La musique se compose en moi sans instrument, presque debout, la tête toute droite, dans la bouche tendue, dans tout l’espace du haut du corps. Comme l’orgasme, la musique vient juste au-dessus de la tête. Tout ce qui est composé devant un instrument, ou à l’aide d’un instrument, ou en direction d’un instrument, obéit à ce que cela peut donner sur l’instrument, va vers lui et ce n’est plus de la musique… ce n’est qu’une performance de l’instrument. »
La musique sert également à Sainte Colombe à éduquer ses filles.