Zola et l’Église catholique n’ont jamais fait bon ménage. L’écrivain n’en est pas pour autant un auteur antichrétien : franchement anticlérical dans ses jeunes années, il a toujours séparé la foi chrétienne de l’Église catholique censée l’incarner. La Conquête de Plassans offre au lecteur une variété de portraits d’hommes d’Église, palette aux tons variés allant de couleurs légères aux tons les plus sombres. La foi et l’Église sont omniprésentes dans le roman : la dévotion de Marthe est le moteur qui mène la famille Mouret à son effondrement. Quand François Mouret contemple son paisible jardin, il déclare : « Notre jardin est un paradis fermé où il défie bien le diable de venir nous tenter. » Il ignore qu’il a fait entrer le diable dans son foyer en la personne de l’abbé Faujas.
L’abbé Faujas est l’ecclésiastique dominant du roman. Sa personnalité est duelle : d’une part, il offre l’image d’un homme détaché des choses de ce monde : sa chambre est nue, sa soutane est râpée, il n’accumule aucune richesse. Mais c’est aussi un combattant : il a choisi une cause et se bat pour elle. Il of